网站存放目录的更改只需要修改对应虚拟主机的配置文件，将里面的root 后的目录改成新的目录，然后执行：cp -a 老目录 新目录，chown www:www -R 新目录。 
（LNMP1.2的话还需要修改网站目录下的.user.ini 文件里的目录，参考https://lnmp.org/faq/lnmp-vhost-add-howto.html 末尾“其他事项”的说明。）
MySQL目录的更改，首先需要停掉mysql服务器/etc/init.d/mysql stop，下面新目录以/data/mysql/ 为例，然后cp -a /usr/local/mysql/var/* /data/mysql/，再chown mysql:mysql -R /data/mysql/ 下面再修改/etc/my.cnf ，查找[mysqld] ，在下面加入datadir = /data/mysql/ 保存，如果开启了innodb还需要修改innodb_data_home_dir 和innodb_log_group_home_dir为新的/data/mysql，启动mysql。